Logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs : solutions et comparatif 2025

Un bon logiciel doit avant tout être intuitif. L’auto-entrepreneur n’a pas vocation à devenir expert-comptable : il a besoin d’un outil qui lui permette de créer rapidement devis et factures, d’automatiser certaines tâches et d’accéder à ses données en quelques clics afin de bien gérer sa comptabilité. Les interfaces modernes proposent des tableaux de bord clairs, souvent accessibles sur ordinateur comme sur mobile.

Pour un micro-entrepreneur, une facture n’est pas seulement un document commercial : c’est aussi un document juridique et comptable, encadré par le Code de commerce. Elle doit donc comporter un certain nombre de mentions obligatoires, sous peine de sanctions.

Concrètement, une facture doit toujours préciser :

• Votre identité : nom, prénom, adresse de l’auto-entreprise, numéro SIRET (et le cas échéant RCS, RM ou RNE), précédé ou suivi de la mention « entrepreneur individuel » ou « EI ».
• Les références de la facture : le mot « Facture », un numéro unique (ex. Facture 2025-001) et la date d’émission.
• Les informations sur le client : nom ou raison sociale, coordonnées, et, si elles diffèrent, les adresses de livraison et de facturation.
• Le détail de la prestation ou de la vente : description précise du produit ou du service, quantité, prix unitaire, réductions éventuelles, date de livraison ou de fin de prestation.
• Le total à payer : en HT ou en TTC selon que vous êtes assujetti à la TVA. Si vous bénéficiez de la franchise en base, la mention « TVA non applicable, article 293B du CGI » est obligatoire.
• Les conditions de règlement : délais de paiement, éventuelles pénalités de retard, indemnité forfaitaire de recouvrement (40 €).

Certaines professions doivent également préciser l’assurance professionnelle souscrite (par exemple en bâtiment avec la garantie décennale), ainsi que ses coordonnées.

Enfin, les auto-entrepreneurs assujettis à la TVA doivent ajouter leur numéro de TVA intracommunautaire, le taux applicable et le montant total de TVA facturé (sauf pour les factures inférieures à 150 €).

Les documents comptables doivent être conservés pendant dix ans. Les logiciels de facturation offrent un stockage sécurisé, souvent dans le cloud, évitant les pertes de données. Certains incluent même des options d’import pour centraliser vos anciennes factures au format PDF.

La base reste la possibilité de générer des devis et de les transformer en factures d’un simple clic. Cela évite de recréer un document à chaque étape et permet de suivre plus facilement les conversions commerciales.

Les retards de paiement sont fréquents. Les logiciels modernes intègrent donc un suivi en temps réel et permettent d’envoyer automatiquement des rappels personnalisés. Certains proposent même le paiement en ligne directement depuis la facture, réduisant les délais d’encaissement.

Même si un logiciel de facturation n’a pas vocation à remplacer un outil de comptabilité complet, beaucoup offrent désormais des modules de suivi des recettes/dépenses et d’estimation des cotisations sociales. Cela aide l’auto-entrepreneur à anticiper ses charges URSSAF et à mieux piloter sa trésorerie.

La facturation électronique devient une réalité concrète à partir du 1^er septembre 2026.

Ce changement majeur concernera toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA, y compris les micro-entreprises.

Le calendrier est progressif :

• Dès septembre 2026, les grandes entreprises et ETI devront émettre et recevoir des factures électroniques,
• À partir de septembre 2027, l’obligation s’appliquera également aux PME et micro-entreprises, y compris les auto-entrepreneurs.

Concrètement, un micro-entrepreneur devra donc être prêt à recevoir ce type de factures avant même d’avoir l’obligation de les émettre.

Chaque entreprise devra choisir une plateforme agréée par l’État pour gérer ses factures électroniques. Cette plateforme sera chargée de l’émission, de la réception et de la transmission des données de facturation à l’administration fiscale.

Les éditeurs de logiciels de facturation (Indy, Abby, Evoliz, etc.) travaillent déjà à leur compatibilité avec les futures plateformes agréées. Les auto-entrepreneurs peuvent donc anticiper en choisissant une solution qui sera certifiée fin 2025.

Certaines nouvelles mentions deviendront obligatoires sur les factures, comme le numéro SIREN du client, l’adresse de livraison (si différente de la facturation), ou encore la précision sur la nature des opérations (livraison de biens, prestation de services ou les deux).

Pour les auto-entrepreneurs, la généralisation de la facturation électronique représente un effort initial d’adaptation, mais aussi un gain à long terme. 

La dématérialisation permet de réduire les délais de paiement, de simplifier les déclarations de TVA (grâce au pré-remplissage futur des formulaires), et de sécuriser les données via l’archivage numérique obligatoire pendant six ans.

Au-delà des contraintes, la réforme vise donc à fluidifier la gestion des flux financiers et à libérer du temps pour se concentrer sur son cœur de métier.

Un graphiste indépendant n’a pas les mêmes besoins qu’un artisan ou un commerçant. Certains se contenteront de gérer devis et factures simples, quand d’autres auront besoin de modules de gestion de stock ou d’un compte pro intégré.

Beaucoup de logiciels proposent une version gratuite, suffisante pour démarrer, mais limitée en fonctionnalités ou en support client. Les formules payantes qui peuvent varier de 7 à 20 euros par mois, offrent davantage de personnalisation, d’automatisation et de sécurité.

Les retours d’autres auto-entrepreneurs permettent de détecter les forces et faiblesses des outils : réactivité du support, ergonomie réelle, stabilité des serveurs… Ces éléments sont précieux pour faire un choix éclairé.

• Henrri : logiciel de facturation gratuit dédié à la facturation, avec devis, factures et relances illimités. Simple et efficace, mais sans module de comptabilité.
• Abby (version basique) : création de factures et devis conformes, livre des recettes intégré, tableau de bord. Convient pour démarrer.
• Tiime (version gratuite) : devis, factures et acomptes illimités, gestion des relances. Application pratique sur mobile.

Ces solutions séduisent par leur simplicité et leur accessibilité : elles permettent de créer des devis et factures conformes, souvent en illimité, sans frais cachés.

• Indy : logiciel français tout-en-un, avec comptabilité, facturation et compte pro. Gratuit pour la facturation, payant pour la partie comptabilité avancée.
• Evoliz : solution complète avec gestion des devis, bons de commande, impayés et même accompagnement au passage vers la facturation électronique.
• Portail Auto-Entrepreneur : facturation intégrée à un ensemble plus large de services (tableaux de bord, déclarations URSSAF).

Les formules payantes (Indy, Evoliz, Portail auto-entrepreneur, Freebe…) offrent une expérience plus complète : personnalisation poussée des documents, relances automatiques, gestion des acomptes, suivi des déclarations URSSAF, voire intégration bancaire. Elles font gagner du temps et offrent une vision globale de l’activité.

Leur inconvénient principal reste le coût : un abonnement mensuel qui peut peser sur la trésorerie d’un auto-entrepreneur en début d’activité. Il faut donc s’assurer que les fonctionnalités supplémentaires justifient l’investissement.

La plupart des logiciels sont désormais en mode SaaS (cloud). Indy, Abby, Tiime et Freebe proposent tous des applications mobiles, permettant de facturer depuis un smartphone ou une tablette, pratique pour les indépendants souvent en déplacement.

Non, mais vos factures doivent respecter les mentions légales. Le logiciel reste fortement recommandé pour gagner du temps et éviter les erreurs.

Henrri, Abby ou Tiime offrent de solides bases gratuites. Attention toutefois aux limites de personnalisation ou de support.
 

Indy et Henrri permettent une facturation gratuite illimitée. D’autres comme Facture.net ou Portail Auto-Entrepreneur offrent également des solutions simples.

Il n’existe pas de “meilleur” universel : tout dépend de vos besoins. Pour une gestion simple, Henrri est un bon choix. Pour un outil complet, Indy ou Evoliz s’imposent.